In Nishitami stehen die zwei Türme des höchsten Wolkenkratzers der Stadt kurz vor der Eröffnung. Die Detective Boys befinden sich gerade auf dem Rückweg von einem Campingtrip, als sie an dem fast fertiggestellten Bau vorbeikommen. Dort treffen sie zufällig auf Ran und ihren Vater, die bereits vor der offiziellen Eröffnung die Türme besichtigen. Während der Erkundungstour hört Conan zufällig von einem roten Porsche 356A, der vor dem Gebäude steht. Es ist das Auto der Männer in Schwarz, die Shin'ichi zwangen das Gift zu trinken, das ihn verwandelte! Als eine brutale Mordserie beginnt, ist der kleine Detektiv nicht nur gezwungen, die Verbrechen aufzuklären, sondern auch herauszufinden, was die mysteriöse Organisation damit zu tun hat. Außerdem verhält sich Haibara ausgesprochen merkwürdig und Conan muss sich fragen, auf welcher Seite sie steht.