Tokio-3 liegt durch den Kampf gegen den letzten Engel fast vollkommen in Schutt und Asche. Nur noch ein Krater klafft über dem Geosektor. Rei Ayanami gilt offiziell als tot, Asuka Langley Soryu befindet sich im Wachkoma. Lediglich Shinji ist von den Children übrig geblieben. Doch er macht sich Vorwürfe über den Tod von Kaworu und versinkt in seiner Trauer.