Ungeachtet der Tatsache, dass bereits Überlegungen zu einem vierten Teil der Underworld-Reihe geäußert wurden, schließt sich mit Underworld: Aufstand der Lykaner der Kreis, den die Geschichte um Vampire und Werwölfe beschreibt. Es geht um eine Jahrhunderte alte Fehde, einen Krieg zwischen Vampiren und Lykanern. In den ersten beiden Teilen der Trilogie ist vergleichsweise unklar, woher dieser Krieg rührt.
Die Heldin Selene (Kate Beckinsale), die bisher ganz pflichtbewusst und loyal für die Vampire gekämpft hatte, ohne diese oder sich selbst in Frage zu stellen, stolpert eher zufällig über Michael Corvin (Scott Speedman), und mit ihm über ein Netz von Lügen und Machtspielchen in der Chefetage der Vampire. Während Selene und Michael im Laufe von Underworld und Underworld: Evolution gegen Vampire und Lykaner zu Felde ziehen, bis sie sowohl den Stammvater der einen als auch den der anderen vernichtet haben, wird nie wirklich klar, warum sie das eigentlich tun. Genau das jedoch klärt das Prequel Underworld: Aufstand der Lykaner.
Der dritte Teil der Serie spielt etwa 1000 Jahre vor der Handlung der ersten beiden Filme. Er erzählt in erster Linie die Geschichte von Lucian (Michael Sheen), dem ersten Werwolf, der menschliche Gestalt annehmen kann. Lucian lebt bei dem Vampirfürsten Viktor (Bill Nighy), der Lucian wie ein Haustier hält. Diese beiden sind die Schlüsselfiguren in der Geschichte der Fehde. Zwischen diesen beiden Männern entbrennt der Krieg, der tausend Jahre später immer noch tobt. Doch warum? Aus einem einfachen Grunde, aus demselben Grund, aus dem schon Troja dem Erdboden gleichgemacht wurde: wegen einer Frau!
Es könnte alles so schön sein im Hause des Vampirfürsten. Viktor lebt da in einem schönen Anwesen mit seiner Tochter Sonja (Rhona Mitra), die das einzige Lebewesen ist, das er liebt, sie sind glücklich und morden und haben sogar ein kleines Haustier. Und alles wäre wunderbar, wenn nicht die einzige Tochter Viktors beginnen würde, eine gewisse Zuneigung zu dem Haustier zu entwickeln… Und das will der Papa natürlich nicht akzeptieren. Und wie im wahren Leben auch ist dem Papa dann jedes Mittel recht, um so eine ungebührliche Romanze zu verhindern. Zum Beispiel eben einen tausendjährigen Krieg entfachen.