Als Harold Finch (Michael Emerson) eine Nachricht von Reese (Jim Caviezel) erhält, in
der ihn dieser zu einem Treffen bittet, willigt er ein. Doch Reese
erscheint nicht, stattdessen informiert er Finch telefonisch über ihre
nächste Nummer, die nur wenige Tische von Finch entfernt sitzt. Claire Mahoney (Quinn Shephard), ihres Zeichens Mathematik- und Schach-Genie, die jedoch in den letzten 48 Stunden damit begonnen hat, Autos aufzubrechen und sich eine Waffe zu kaufen. Obwohl er seine Tarnung nach wie vor nicht gefährden will, nimmt FInch die Verfolgung auf, als die Studentin das Lokal verlässt.
Shaw (Sarah Shahi) hat indes eine neue Beschäftigung gefunden: Anstatt weiter den Lippenstift zu schwingen, ist sie inzwischen Fluchtwagenfahrerin für ein Gruppe Einbrecher und mit diesem Job wesentlich zufriedener. Während sie im Wagen wartet, stattet ihr Root (Amy Acker) einen Kurzbesuch ab um sie zu warnen: Zwar wären Kriminelle in New York nichts ungewöhnliches, doch wenn Shaw mit ihrer Gruppe zu erfolgreich würde, würde das unweigerlich die Aufmerksamkeit Samaritans auf sie lenken.
Finch beobachtet derweil, wie Claire einen Zettel an sich nimmt, und beschafft sich ebenfalls ein Exemplar, auf dem ihm das Abbild eines Nautilus auffällt. Die darauf abgebildete Nummer kann er schließlich als Koordinaten entschlüsseln, an denen er ein Graffito entdeckt - das ebenfalls ein Nautilus-Bild enthält. Doch er wird von Claire entdeckt, die ihn mit einer Waffe bedroht und beschuldigt, sie in ihrem "Spiel" übervorteilen zu wollen. Sie schießt auf ein vorbeifahrendes Fahrzeug und flüchtet, während Finch von den Fahrern bedroht wird. Der rechtzeitig eintreffende Reese kann dank seiner Tarnidentität als Detective Riley zur Deeskalation der Situation beitragen kann. Finch beginnt u recherchieren und erfährt, dass sie bereits seit einem Jahr Probleme und einen Suizidversuch unternommen hat. Er geht daher davon aus, dass sie die Nummer erhalten haben, weil Claire eine Gefahr für sich selbst darstellt, was Reese jedoch bezweifelt.
Reese durchsucht daraufhin die Wohnung Claires, wo er eine externe Festplatte findet, jedoch von einem Mann (David Starzyk) aufgehalten wird, der sich als ihr Vater ausgibt. In seiner Rolle als Polizist kann John den Mann jedoch beruhigen und sagt ihm zu, ihn zu benachrichtigen, wenn sie Claire finden. Dahingehend hat Finch einen weiteren Erfolg erzielt, da er das nächste Bildrätsel entschlüsselt hat, das wiederum auf einen alten Torbogen verweist, der sich in einem New Yorker Park befindet. Als Reese dort eintrifft, findet er Claire, die sich mitten auf einer Straße bewegt und dabei in den Verkehr gerät. Es gelingt ihm, sie in Sicherheit zu bringen, woraufhin er sie ihrem eintreffenden Vater übergeben will - Claire bestreitet jedoch, dass es ihr Vater ist, und Finch bestätigt dies, da er gerade Claires Polizeiakten durchgeht. John hält den "Vater" auf, doch Claire ist daraufhin wieder verschwunden.
Finch recherchiert derweil nach den Ursprüngen des "Spiels" und findet heraus, dass dieser Wettbewerb bereits mehrfach rund um den Globus verteilt stattfand, weshalb er einen großen Geheimdienst oder Konzern dahinter vermutet. Da entdeckt er einen weiteren Teilnehmer auf besagter Straße, der ihn ebenfalls mit einer Waffe bedroht und flüchtet, als er ihn anspricht. Allerdings ist Finch dadurch dem nächsten Rätsel auf die Spur gekommen und findet so die nächste Station von Claires Spiel heraus. Während Reese dorthin fährt, trifft sich Finch mit Shaw und begibt sich zu einem Barmann, der den Zettel, mit dem alles begonnen hat, aufgehängt hat. Beim Verhör des Mannes ergibt sich jedoch, dass er den Zettel per E-Mail bekommen hat, und selbst nichts weiter mit der Sache zu tun hat.
Die Quelle besagter E-Mail stellt Finch jedoch vor ein Rätsel, da es keinen Absender zu geben scheint. Dann wird sein Computer von einem massiven Cyber-Gegenangriff gehackt und lokalisiert, woraufhin er seinen Computer zerstört und mit Shaw schnellstmöglich den Ort wechselt. Er erkennt, dass das Spiel - ebenso wie der Hackerangriff - auf Samaritan zurückzuführen sind, weshalb er Reese anweist, nicht weiter zu handeln. Da dieser jedoch mehrere Ex-Militärs entdeckt hat, die Claire verfolgen, folgt er Finchs Anweisung nicht und schaltet ihre Verfolger aus, um sie zu Verhören.
Finch trifft sich mit Root, um sie und die Maschine um Rat zu fragen, was zu tun sei. Sie weist ihn jedoch daraufhin, dass er selbst die Maschine so programmiert hat, dass Menschen ihre Entscheidungen selbst treffen müssen. John hat unterdessen herausgefunden, dass die Angreifer Ex-Militärs eines privaten Sicherheitsunternehmens sind, von denen sensible Daten durch Claire entwendet wurden. Mit Hilfe von Detective Fusco (Kevin Chapman) entschlüsselt er außerdem den nächsten Hinweis, wo er die auf Claire wartenden Killer mit Shaw ablenkt und ausschaltet. So kann Finch derweil auf dem Aussichtsdeck, wo sich ein weiterer Hinweis verbirgt, an Claire herantreten. Er versucht, sie davon zu überzeugen, das Spiel nicht weiter zu verfolgen, da er sie bei dem, was am Ende auf sie wartet, nicht länger beschützen könnte. Sie will jedoch weitermachen, da sie dadurch einen Sinn für ihr Leben gefunden hat, nachdem ihre Eltern ein Jahr zuvor gestorben waren, und entkommt erneut in einem Moment der Unaufmerksamkeit.
Claire erreicht die finale Station des Rätsels und wird dort von mehreren bewaffneten Männern erwartet, die den Datenträger ausgehändigt bekommen wollen. Bevor sie etwas unternehmen kann, werden die Männer erschossen - und Samaritan nimmt über ein Smartphone Kontakt mit ihr auf: Da sie den Test bestanden hat, beschützt Samaritan Claire nun.
Die von Claire entwendeten Daten ruinieren das Sicherheitsunternehmen, vom dem Finch herausgefunden hat, dass sie ein Überwachungssystem entwickelt hatten, das nun nicht fertiggestellt werden konnte - ein potentieller Rivale für Samaritan, der deswegen ausgeschaltet werden musste.
Als John sich entschuldigt, Finch trotz dessen Ablehnung involviert zu haben, führt dieser ihn in eine unterirdische und verlassene U-Bahn-Reparaturstation, die er zu einer neuen Operationsbasis ausgebaut hat. Finch erklärt, dass er entschieden hat, sich wieder aktiv an den Nummern zu beteiligen, und gemeinsam mit John und Shaw Samaritan zu bekämpfen.
Dieses Mal gibt's zum Schluss noch einen kurzen Trailer zur Episode: